به گزارش بهارانه، عارف سالك، عالم ربّانی، حكیم فرزانه، مجتهد عادل، فقیه نامدار، حضرت آیت الله شیخ محمّد بهاری در خانواده‌ای اصیل و مذهبی چشم به جهان گشود. او فرزند میرزا محمّد بهاری، از ستارگان تابناك آسمان علم و عرفان است. بهاری در سال 1265 هـ . ق. در شهر بهار از توابع همدان متولد شد.
حاج میرزا محمّد بهاری كه مردی وارسته بود، دارای 3 پسر به نام‌های: صادق، فرّخ و محمّد و یك دختر به نام خانم بود. همسر وی، زنی با ایمان بود. حاج میرزا محمد كاسب بود و وضعیت مالی نسبتاً خوبی داشت. از قراین و شواهد پیداست كه او از راه خرید و فروش و كشاورزی، امرار معاش می‌كرد.

 
شیخ محمد بهاری همراه حاج شیخ محمد باقربهاری به مكتب خانة ملّا عبّاس علی در بهار رفته و خواندن و نوشتن را آموخت و قرائت قرآن و احكام شرعی را فراگرفت.
او علاقة زیادی به آموختن علم داشت. وی در نوجوانی دروس حوزوی را نزد ملّاجعفر بهاری فرا گرفت.
ملّا جعفر دانشمندی وارسته بود كه برای تأمین مخارج زندگی خویش، از وجوهات شرعیه استفاده نمی‌كرد. او از راه كشاورزی، امرار معاش می‌كرد. این مرد الهی گذشته از این كه از مدارج علمی بالایی برخوردار بود زاهدی با تقوا نیز بود. ضمیر پاك، قلب مطمئن و آرامش خاطر از ویژگی‌های اخلاقی وی بود. گویا شكل گیری پایه‌های اولیة علمی ـ عرفانی شیخ محمد بهاری و آیت الله حاج شیخ محمد باقر بهاری در كلاس درس ملّاجعفر بوده است.

شیخ محمد بهاری پس از اتمام تحصیلات مقدماتی در همدان، برای ادامة تحصیل به بروجرد عزیمت می‌كند و در درس آیت الله حاج میرزا محمود بروجردی، پدر آیت الله العظمی آقا حسین بروجردی (ره) شركت می‌كند . او پس از اخذ درجة اجتهاد در 32 سالگی، به زادگاه خود برمی‌گردد. وی مدت كوتاهی در بهار به ارشاد مردم می‌پردازد و دوران جوانی، همراه پدر به زیارت اماكن مقدس در عراق می‌رود.

شیخ محمّد بهاری در سال 1297 هـ . ق، برای ادامة تحصیلات وارد حوزه علمیّه نجف اشرف می‌گردد. وی در نجف از ملازمان درس آخوند ملا حسینقلی همدانی و از شاگردان ممتاز او بود. آخوند همدانی درباره‌اش فرمود: «حاج شیخ محمد بهاری، حكیم اصحاب من است.»
بهاری در درس عارف كامل و استاد بی‌نظیر عرفان، آخوند ملا حسینقلی شوندی درجزینی همدانی (متوفا: 1311 هـ . ق.) شركت می‌كنند و تا زمان وفات آن مرد بزرگ از محضر پرفیضش بهره‌مند می‌شود.
حاج شیخ محمّد بهاری در نجف دچار بیماری مزمن می‌شود. پزشكان راه علاج او را تغییر آب و هوا می‌دانند. وی به سفارش پزشكان، به ایران بر می‌گردد و مدتی در مشهد ماندگار می‌شود. باردیگر تصمیم به سفر به نجف می‌گیرد امّا بدترشدن وضعیت جسمانی‌اش سبب بازگشت او به بهار می‌شود و تا پایان عمر در این شهر اقامت می‌گزیند.

 
بهاری دروس مقدماتی را در زادگاهش، زیر نظر پدرش، نزد ملا عباسعلی بهاری و ملا جعفر به پایان رسانید. آن گاه برای ادامة تحصیلات به همدان رفت و در درس استاد اسماعیل همدانی و میرزا محمود طباطبایی شركت كرد. سپس به بروجرد رفت و دروس فقه و اصول را نزد مرحوم حاج میرزا محمود بروجردی فرا گرفت و از وی اجازة اجتهاد گرفت. بهاری در سال 1297 هـ . ق. به نجف اشرف رفت و از آموخته‌های ملا حسینقلی شوندی بهره‌مند شد.
بهاری در عرفان و قرآن، ‌از محضر آیت الله العظمی آخوند ملا حسینقلی شوندی همدانی بهره‌ها برد. شاگردان مكتب تربیتی آخوند را بیش از 300 نفر ذكر كرده‌اند.
سید احمد كربلایی، سید ابوالقاسم اصفهانی، شیخ محمد بهاری همدانی، دولت آبادی، شیخ باقر آقا موسی، میرزا جواد آقا ملكی تبریزی، سید محمد سعید حبوبی، شیخ آقا رضا تبریزی، شیخ علی (فرزند آخوند)، شیخ علی قمی، شیخ مولی شراره، از شاگردان مشهور آن عارف وارسته هستند. شیخ محمد بهاری از برجسته‌ترین شاگردان آخوند ملا حسینقلی همدانی بودند. به تعبیر شیخ آقا بزرگ تهرانی، هو اجلهم اعظمهم.

 او شاگرد آخوند بود.
آیت الله سید محمد حسین طهرانی او و سید احمد كربلایی را ممتازترین شاگردان آخوند همدانی دانست و دربارة سید احمد كربلایی فرمود: «از اعاظم فقهاء شیعة امامیه و از اساتید حكمت و عرفان الهی بوده است.» امّا در حكمت و عرفان او همین بس كه پس از رحلت مرحوم عارف بی‌بدیل و حكیم و مربی و مدرس و فقیه بی‌نظیر حضرت آیت الله آخوند ملا حسینقلی همدانی ـ رضوان الله تعالی علیه ـ در نجف اشرف، با عدیل و همردیف خود، مرحوم شیخ محمد بهاری در میان سیصد تن از شاگردان آن مرحوم، سرآمد و شاخص بود.
پس از مهاجرت بهاری به همدان، سید احمد كربلایی، یگانه عالم اخلاق و مربی نفوس در طی طریق الهی و سیر در معارج و مدارج كمال نفس انسانی و ایصال به كعبة مقصود و حرم معبود بود.
شیخ محمد بهاری و حاج سید احمد كربلایی از تربیت شدگان مكتب عرفان آخوند ملاحسینقلی همدانی و از شاگردان توانمند او بودند. آخوند ملاحسینقلی همدانی عرفان را از آیت الله آقا سید علی شوشتری آموخته بودند و سید علی شوشتری نیز از مرد «جولا».
حاج سید محمد حسین طباطبایی قاضی می‌نویسد:
من از پدرم پرسیدم: «شما عرفان را از كه اخذ كرده‌اید؟ فرمودند: از مرحوم سید احمد كربلایی طهرانی. عرض كردم: او از چه كسی؟ فرمودند: از آقا سید علی شوشتری. عرض كردم: او از چه كسی؟ فرمودند: از «جولا» عرض كردم:‌ او از چه كسی فرا گرفته؟ ایشان با تغیر فرمودند: من چه دانم! تو می‌خواهی سلسله درست بكنی.»

اسرار الهی در دل تابناك بهاری موج می‌زد. آن بزرگوار از حیث اخلاق، متواضع، مؤدب و در حفظ آداب معاشرت و سعة صدر، سعیی بلیغ می‌نمود.
بهاری در اخلاق، ‌حسن رفتار، حلم، بردباری و خوش خلقی از بین شاگردان مرحوم آخوند، زبانزد و نمونه و بارز بود. او در نجف، شیوة تربیتی استادش را ادامه داد. بسیاری از عالمان و تاجران ایرانی، عرب و هندی شیوة سلوك و خودسازی را از او طلب می‌كردند وی نیز با كمال گشاده‌رویی و مهر و محبت، شفاهی یا كتبی آنان را هدایت و ارشاد می‌نمود و بدین ترتیب مكتب آخوند را استمرار و تداوم می‌بخشید.
میرزا جواد آقا ملكی تبریزی كه از بزرگان اهل معرفت زمان خویش بود، دربارة استاد خویش، آخوند همدانی می‌نویسد:
در یك برخورد اعجاب انگیز، مرحوم آخوند یك فرد منحرف را دگرگون می‌ساخت. گویند: آقایی آمد نزد مرحوم آخوند و ایشان او را توبه دادند. در عرض 48 ساعت بعد، وقتی كه آن مرد آمد به گونه‌ای متحوّل شده بود كه باورمان نمی‌شد كه این همان آدم چند ساعت پیش باشد.
آیت الله شیخ محمد بهاری همانند استاد گرانقدرش بود. او در همان برخورد اول، طرف مقابل را مجذوب و شیفتة خود می‌ساخت. او روزی در نجف اشرف، با جمعی از طلاب در محوطة حیات مدرسه ایستاده بود. رهگذری جسارتی به طلاب می‌نماید. طلبه‌ها درصدد پاسخ به توهین او بر می‌آیند، امّا بهاری می‌گوید: او را به من واگذارید. بهاری به رهگذر می‌گوید: آیا نخواهی مُرد؟ آیا وقت آن نرسیده است كه از خواب غفلت بیدار شوی؟ آن مرد نگاهی به پشت خود می‌كند و خطاب به بهاری می‌گوید: چرا، چرا؟ اتفاقاً موقعش فرا رسیده است! او در حضور بهاری توبه می‌كند و تحول و انقلابی درونی در او پیدا می‌شود و از زهّاد وعبّاد و از اوتاد زمان خود می‌شود.

 
شاگردان شیخ محمد بهاری در حوزه علمیه نجف، ضمن تحصیل علوم دینی، به تدریس نیز مشغول بودند.
عارف فرزانه، شیخ لطیف بهاری (فرزند ملا درویش) از شاگردان او بود. شیخ لطیف از عارفان و عالمان ربّانی زمان خود به شمار می‌رفت. بهاری در ملاقات با اهالی شهر بهار، از معنویت، زهد و عرفان وی بسیار تعریف كرد.
مرحوم شیخ محمد بهاری شاگردان بسیاری داشت نامه‌های وی كه در كتاب تذكرة‌المتقین گرد آمده است، خود حكایت از این مدعاست.

آثار علمی آیت الله شیخ محمد بهاری منحصر به مكاتباتی است كه برای شاگردان خود نگاشته است. تعدادی از این مكاتبات ارزشمند در كتاب تذكرة المتقین به گرد آمده است. می‌نویسد:
«این بنده از حضرت آیت الله العظمی خامنه‌ای (مدظل العالی) شنیدم كه فرمودند مرحوم شیخ محمد بهاری افزون بر كتاب تذكرة‌المتقین، نوشته یا نوشته‌های دیگری نیز داشته است.»
شیخ آقا بزرگ تهرانی در كتاب ارزشمند الذریعه الی تصانیف الشیعه، از كتاب «منشآت» بهاری یاد می‌كند و می‌نویسد: منشآت بهاری الهمدانی النجفی الحاج شیخ محمد بهاری به طبع تهران.
كتاب دیگری به نام «كتاب القضاء» را نیز به شیخ محمد بهاری نسبت می‌دهند. بهاری از نظر علمی به درجات عالی و اجتهاد رسیده بود و شاگردان بسیاری نیز تربیت كرده بود. اگر آثارمكتوب و قلمی كمتر از ایشان به یادگار مانده است، نشان از توجه وی به تربیت شاگردان و رجال دینی و اهتمام خاص در سیر و سلوك وی است، به گونه‌ای كه كتاب تذكرة المتقین، دستور العمل و نسخة عرفانی و تهذیب نفس برای شاگردان است.

آیت الله شیخ محمد بهاری در نجف مریض شد و به سفارش پزشكان، به ایران بر می‌گردد. عازم مشهد می‌شود. او مدتی بعد، قصد بازگشت به نجف اشرف می‌كند كه شدت یافتن بیماری، او را از این تصمیم منصرف می‌سازد و او ناچار به زادگاهش، بهار برمی‌گردد و در نهم ماه مبارك رمضان 1325 هـ . ق. روحش به رضوان الهی پر می‌كشد و پیكر پاكش در شهر بهار به خاك سپرده می‌شود.
علامه شیخ آقا بزرگ تهرانی، تاریخ وفات شیخ محمد بهاری را نهم ماه مبارك رمضان سال 1325 هـ . ق. داند و می‌فرماید: در تاریخ وفات مرحوم بهاری، این گونه وارد شده است: «آه خزان شد گل و بهار محمد».
مرقد منور آن مرحوم هم اكنون در میان بیش از 160 تن از شهیدان سرافراز و گلگون كفن انقلاب اسلامی و جنگ تحمیلی عراق علیه ایران، در باغ بهشت شهدای بهار، زیارتگاه مردم است. یكی از بزرگان نقل كرده‌اند: اطرافیان بهاری در زمان حیاتش، به ایشان پیشنهاد می‌كنند بعد از رحلتش، جنازه‌اش را به نجف منتقل كنند و در آن جا به خاك بسپارند. ایشان با قاطعیت می‌گوید: مرا در گورستان شهر بهار دفن كنید. چون می‌خواهم كنار شهیدان باشم.
آرامگاه وی زیارتگاه مردم از شهرهای مختلف كشور است. گاه اشخاص گرفتار و حاجتمند برای رفع گرفتاری و برآورده شدن حاجات خویش، به آستان مبارك و شفابخش آن ابرمرد زهد و تقوا، روی امید می‌آورند. كرامات فراوانی نیز در این زمینه از ایشان نقل و مشاهده شده است!